全国台湾研究会下设三个机构，即：联络部、研究部、综合部。
联络部负责本会对外学术交流的联络事宜，包括邀请与安排台湾与海内外学者专家来访；组织各种学术交流活动；举办本会理事会和团体会员会议等。
研究部负责台湾政局与两岸关系的形势分析并提供研究报告；承担各部门委托的研究课题，规划本会年度课题；审核学术著作出版的资助；编辑出版台湾年鉴及其他学术研究成果；组织涉台科研成果的评奖活动。
综合部负责与会员和团体会员的联系；负责本会的行政与后勤保障工作。
